Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарём Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удаётся остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара