События развиваются спустя два года после начала пятилетней миссии. Экипаж звёздного корабля "Энтерпрайз" во главе с капитаном Джеймсом Т. Кирком был атакован могущественной и опасной волной неизвестных пришельцев, которые уничтожают корабль. Часть экипажа погибает от дронов. Оставшиеся в живых были схвачены в плен. Там они оказываются в конфликте с новым безжалостным врагом