1492 год. Испания. Агилар де Нерх проходит посвящение в братство ассасинов, где ему отрезают безымянный палец и выдают скрытые клинки. Нижняя Калифорния, 1986 год. Маленький Каллум Линч возвращается домой и видит свою мать убитой, а рядом с ней и отца в одеянии ассасина. Тот говорит сыну убегать, так как их выследили агенты Абстерго. Через 30 лет Каллума приговорили к смертной казни за убийство сутенера. Приговор привели в исполнение, но на следующий день он просыпается в отделении Абстерго Индастриз в Мадриде. Рядом с собой он обнаруживает девушку по имени София Риккин