Сюжет разворачивается в не столь отдалённом будущем, где технологии робототехники вышли на принципиально новый уровень. Киборг Мотоко, возглавляющая оперативное подразделение по ликвидации "врагов общества", получает задание на устранение опаснейшего хакера, называющего себя "Кукловодом". Занимаясь поисками преступника, Мотоко начинает размышлять о том, кем же она была до того, как стала киборгом