Действие фильма разворачивается в далеком будущем после кровопролитной войны, которая случилась в результате создания человечеством киборгов-помощников. Однажды доктор Идо нашел на свалке останки девушки-киборга и, принеся их в свою мастерскую, оживил робота. Оказалось, что киборг не помнит, кто она такая, и тогда доктор Идо дал ей имя Алита, а вскоре она открыла в себе способности к боевым искусствам. Алите предстоит собрать осколки своего прошлого и узнать правду о том, кто она такая