В ходе совместных учений силовых структур, которые проводятся в самом западном регионе России, в Калининграде, происходит авиакатастрофа, в которой гибнут бойцы местного спецназа. Следственный комитет совместно с ФСБ России проводит расследование причин происшедшего. Но поскольку до окончания расследования нельзя с уверенностью утверждать, что данная трагедия не является террористическим актом, из приграничных регионов Родины отряд "Нерпы" перебрасывается на новую секретную военную базу, в район Калининграда. Задача героев - до окончания расследования взять на себя обязанности подразделений, бойцы которых погибли, и действовать по возможности автономно, дабы пресечь возможность вмешательства враждебных сил, если такие в регионе имеются