События фильма разворачиваются в ближайшем будущем в Японии. Нобухико Комёдзи - эксперт по роботам. Он возглавлял проект "Ковчег" и создал робота Кикайдера. После загадочной смерти Нобухико, Кикайдер начинает борьбу с "Ковчегом", который сильно отклонился от своей первоначальной миссии