Нео окончательно осознал свою избранность, однако это не обезопасило полностью членов подполья. Механические спруты установили местоположение Зиона и теперь роют землю по направлению к городу. У повстанцев остаётся только один выход - завладеть главным компьютером Матрицы. Для того, чтобы найти его, необходима помощь таинственного Ключника, который находится в заточении вредоносной программы. Преодолев невероятные опасности, лидеры сопротивления освобождают его, но на их пути встаёт переродившийся агент Смит, получивший новые суперспособности