Великая война людей и машин подошла к заключительной стадии. Все ресурсы брошены на защиту города Зиона, последнего оплота людей на планете, но численное превосходство роботов очевидно, к тому же они не нуждаются в пище, отдыхе или лечении, и мощь их высока. Благодаря подвигу отважного капитана Мифуне людям с помощью электромагнитного излучателя удаётся вывести из строя множество враждебных машин. Но это ещё не победа: на город по-прежнему надвигается многочисленная стальная армия неприятеля. Главная битва ещё впереди. Пока жители Зиона в подземных глубинах из последних сил держат оборону, Нео готовится исполнить свою миссию. Прилагая все усилия, он продолжает искать способ остановить вторжение в город. Единственную возможность ослабить и победить врага Нео видит в прямой схватке с противником. Его ждёт путешествие туда, куда не ступала нога человека - в самое сердце Города Машин