К знаменитому сыщику обращается за помощью Мэри Морстен (Екатерина Зинченко), бедная девушка-сирота. Ее отец, полковник Морстен, когда-то служил в Индии, а по возвращении в Лондон пропал без вести. В течение шести лет Мэри раз в год получала бандероль с крупной жемчужиной. А однажды девушке пришло письмо, в котором неизвестный написал, что с ней поступили несправедливо, лишив причитающегося наследства.
На встречу, назначенную незнакомцем, Мэри отправляется в сопровождении Холмса и Ватсона. Они попадают в необычный дом, обставленный в колониальном стиле. Его владелец Таддеуш Шолто (Виктор Проскурин), сын сослуживца полковника Морстена, открывает тайну сокровищ Агры, обладателями которых в свое время стали Морстен и Шолто. Но, отправившись за драгоценностями в дом брата-близнеца Таддеуша, они обнаруживают следы взлома и труп хозяина. Драгоценности исчезли. Шерлоку Холмсу предстоит решить очередную задачу с несколькими неизвестными…
От предыдущих картин сериала эта отличается тем, что на первый план в ней выступают второстепенные персонажи, временно принимая из рук героев солирующую партию. Это Таддеуш Шолто и Джонатан Смолл в прекрасном исполнении Виктора Проскурина и Сергея Шакурова. Инспектор Лестрейд (Борислав Брондуков) также присутствует на экране дольше, чем обычно, забавляя окружающих своими методами работы.
В «Сокровищах Агры» оба друга - великий сыщик и доктор - влюбляются. И если в первой серии Ватсон подтрунивает над Холмсом, позволившим эмоциям взять верх над холодным разумом и увлечься очаровательной авантюристкой Ирэн Адлер (Лариса Соловьева), то во второй он сам страдает от любви к Мэри Морстен. Из-за злополучных сокровищ доктор Ватсон не может признаться девушке в своих чувствах, ведь она из бедной компаньонки превратилась в самую богатую невесту Англии.
От предыдущих серий, снимавшихся в Ленинграде (Санкт-Петербурге), последняя отличается тем, что в ней есть кадры настоящего Лондона. Съемки на Темзе сделал для фильма корреспондент Центрального телевидения Виталий Ильяшенко.